Dzimis 1930. gada 14. novembrī.
1955.gadā beidzis LU (tolaik LVU) Filoloģijas fakultāti, turpinājis studijas aspirantūrā. Ieguvis filoloģijas maģistra gradu. Kopš 1954. gada ir lektors Latvijas Universitātes Filoloģijas fakultātes Baltu valodu katedrā.
Publicējis vairāk nekā 1000 rakstu par valodniecības jautājumiem dažādos izdevumos Latvijā un ārvalstīs, veidojis vairāk nekā 900 valodniecības raidījumus Latvijas radiofonā. Viņš ir līdzautors 1994. gadā izdotai grāmatai Kā latvietis runā.
Valodnieks Jānis Kušķis ir pazīstams arī kā sabiedriskais darbinieks. Viņš darbojas RLB Latviešu valodas attīstības kopā, akadēmiskajā organizācijā „Ramave”, ir biedrības „Latvietis” priekšsēdis, Teodora Reitera fonda goda biedrs. Bieži darbojies jauniešu domrakstu konkursu žūrijās. Kopš Latvija atguvusi neatkarību viesojies daudzās skolās stāstot par mūsu valodu un tās tagadējām problēmām.
Ir Triju Zvaigžņu ordeņa virsnieks, ieguvis Luža Bērziņa lielo balvu, Teodora Reitera fonda lielo balvu, Kārļa Mīlenbacha balvu.
Jāņa Kušķa vaļasprieks: nopietnā mūzika un skaņu plašu kolekcionēšana.